昆山市中医院感染性疾病科建于2005年，建科时作为二级科室，由急诊科管理，自2011年始，感染性疾病科成为一级科室，开设发热门诊和肠道门诊及结核门诊，主要进行肺结核患者的全程管理，以及发热门诊、肠道门诊等季节性传染病的诊治。

感染性疾病科设有独立的挂号收费室、检验室、放射检查室、药房；设有发热门诊和肠道门诊等独立诊区。各诊区都有候诊区、诊室、治疗室、抢救室、隔离观察室、专用卫生间、处置室。

本科室运用中医中药、中西医结合方法诊治各类外感发热性传染病和急性泄泻，对麻疹、水痘、风疹、流行性腮腺炎等疾病方面，具有较强的诊治水平和解决复杂疑难问题的能力。

新冠肺炎疫情发生以来，医院按照发热门诊建设要求，重新改建感染性疾病科，使之更加符合三级医院发热门诊建设要求。运用中西医结合的方法，充分发挥中医药在感染性疾病防控中的特色优势。